Początki istnienia Fundacji im. Jakuba hr. Potockiego były bardzo burzliwe.
Po śmierci fundatora, zgodnie z jego testamentem, zarząd objęła Rada Fundacyjna, sprawując swoje czynności jedynie formalnie, gdyż faktyczny zarząd spoczywał w rękach wykonawców testamentu, którymi zgodnie z ostatnią wolą fundatora zostali: Bronisław Czuruk (wyznaczony również pierwszym dyrektorem Fundacji) oraz Kazimierz Moszyński - były wojewoda tarnopolski.
Pierwszymi członkami Rady Fundacyjnej byli przede wszystkim przedstawiciele medycyny i ludzie nauki, również światowej sławy, często pełniący równocześnie kilka doniosłych funkcji i z tego względu nie mogący poświęcić się w odpowiednim stopniu sprawom Fundacji im. Jakuba hr. Potockiego. Ten brak rzeczywistego nadzoru, a przede wszystkim obecność w Radzie Fundacyjnej ludzi kierujących się głównie korzyściami osobistymi w wykonywaniu swoich obowiązków, doprowadziły do tego, że już po kilku latach swojej działalności Fundacja zaczęła ponosić kolosalne straty.
W ogromnej mierze przyczynili się do tego stanu wykonawcy testamentu mający prawo być członkami Rady Fundacyjnej "jak długo uznają to za potrzebne".
Przede wszystkim opóźniali oni oddanie czystej masy spadkowej Fundacji, która w wyniku tego nie mogła rozpocząć prowadzenia działalności statutowej. Cały proces z tym związany został znacznie wydłużony, pociągając za sobą dużo wyższe niż przewidywano koszty. Nie było to niczym usprawiedliwione i było wyłącznie winą wykonawców testamentu, gdyż Jakub hr. Potocki przyznał im szerokie prawo do dysponowania dochodami oraz substancją majątkową fundatora, a obciążenia występujące w chwili śmierci fundatora były niewielkie.
Ponadto z majątku fundacyjnego wykonawcy testamentu dokonali wypłat różnego rodzaju nieuzasadnionych wynagrodzeń i zwrotów kosztów.
Jakub hr. Potocki w testamencie postanowił, że na własność Fundacji przejdzie również wszelkie mienie uzyskane w procesach przeciwko jego dłużnikom. Miał tu na myśli w szczególności swojego pełnomocnika we Francji - Aleksandra Rozemberga, przeciwko któremu hrabia w ostatnich latach swojego życia wytoczył proces karny i cywilny, gdyż ten, wykorzystując zaufanie, którym został obdarzony przez hrabiego Potockiego ograbił go z ogromnej części majątku.
W roszczeniach cywilno-prawnych fundator dopuścił możliwość zawarcia z A. Rozembergiem ugody, jeżeli tylko wykonawcy testamentu uznają to za właściwe. 17 lipca 1935r. doszło do układu "Moszyński-Rozemberg", na mocy którego Aleksander Rozemberg zobowiązał się przekazać na rzecz Fundacji pięć placów w różnych miejscowościach Francji oraz dwie wille - w księstwie Monako oraz w Biarritz, a także papiery wartościowe - 51% ogółu akcji Spółki Akcyjnej "Forces Motrices de l'Ouzom" oraz 93% ogółu akcji banku "Banque Centrale Parisienne". Układ ten w wyniku późniejszej kontroli NIK uznany został za bardzo niekorzystny dla Fundacji.
Pomimo ogromnych trudności, Rada Fundacyjna starała się jednak realizować, w miarę ówczesnych niewielkich możliwości finansowych, cele statutowe.
26 lipca 1935r. uchwalony został Regulamin Zapomogowo-Stypendialny i na jego podstawie przyznano dwa pierwsze stypendia - krajowe i zagraniczne. Do końca 1935r. przyznane zostało 8 krajowych stypendiów naukowych oraz 2 stypendia zagraniczne.
Przez cały okres sprawowania swojej kadencji Rada Fundacyjna pochłonięta była całkowicie sprawą przejęcia od wykonawców testamentu należącego się Fundacji majątku, co niestety nie udało jej się. Ze względu na rosnące zadłużenie majątków, brak funduszy na wypłatę wynagrodzeń pracownikom oraz przedłużające się procesy sądowe z wierzycielami, Minister Opieki Społecznej 20 marca 1936r. zawiesił działalność dotychczasowej Rady Fundacyjnej, powołując na jej miejsce Zarząd Komisaryczny.
Wykonawcy testamentu nigdy nie ponieśli żadnych konsekwencji swoich działań, mimo skierowania przez Najwyższą Izbę Kontroli sprawy na drogę sądową.
Działalność Zarządu Komisarycznego
Zarząd Komisaryczny rozpoczął działalność od wezwania wykonawców testamentu do niezwłocznego przekazania majątku Fundacji. W grudniu 1936r. nastąpiło ostateczne przekazanie Fundacji wszystkich jej nieruchomych dóbr oraz wszelkich akt, dokumentów i ksiąg rachunkowych.
W wyniku bezplanowej gospodarki prowadzonej przez wykonawców testamentu w majątkach Fundacji oraz licznych zaniedbań i dopuszczania do narastania różnych należności (m.in. w wynagrodzeniach pracowników, podatkach, ubezpieczeniach) istniała konieczność przedsięwzięcia działań usuwających te zaniedbania.
Zaciągnięto pożyczkę z Zakładu Ubezpieczeń Społecznych na inwestycje we wszystkich majątkach fundacyjnych, które już wkrótce zaczęły przynosić dochody. Stan gospodarczy majątków zaczął stopniowo polepszać się w wyniku odbudowania budynków i przeprowadzenia niezbędnych remontów zdewastowanych posiadłości, budowy nowych obiektów oraz zalesienia znacznych obszarów leśnych.
Po zapoznaniu się ze stanem majątku Fundacji za granicą, Zarząd Komisaryczny postanowił dokonać likwidacji tego majątku w możliwie najkorzystniejszy sposób. Podstawową przyczyną podjęcia takiej decyzji były obowiązujące przepisy stanowiące, że fundusze muszą być lokowane w sposób gwarantujący im bezpieczeństwo prawne. Lokata majątku za granicą zaś nie była uznawana za lokatę bezpieczną z prawnego punktu widzenia.
Sprawne zarządzanie majątkami Fundacji przez ustanowiony Zarząd Komisaryczny przyczyniło się do tego, że już po roku jego działalności Fundacja osiągnęła zysk, który umożliwił kontynuację zapoczątkowanej akcji stypendialnej oraz doinwestowanie jeszcze jej majątku. W 1938r. w wyniku racjonalnej gospodarki finansowej Zarządu Komisarycznego Fundacja wypracowała jeszcze wyższą niż w roku poprzednim wartość zysku, a rok później zwiększyła go trzykrotnie w stosunku do wyniku z roku 1937.
Wybuch II wojny światowej znacznie utrudnił funkcjonowanie Zarządu Fundacji, zarówno w kraju, jak i we Francji. Mimo wielu przeciwieństw i ograniczeń kontynuował on jednak swoją działalność do 1943r.
W listopadzie 1939r. przeprowadzona na zebraniu Zarządu Fundacji analiza posiadanego stanu majątkowego wykazała, iż prawie 4/5 obszaru wszystkich majątków Fundacji znalazło się w sferze okupacji sowieckiej. Fundacja straciła nad nimi całkowity nadzór, a los ich do końca pozostał nieznany. Reszta majątków pozostawała pod okupacją niemiecką i również nigdy nie została oddana Fundacji.
Aż do 1943r. majątek Fundacji we Francji przynosił jedynie minimalny dochód, nie zapewniający nawet spłaty podatków i należności za administrowanie posiadłościami.
Tylko w wyniku ogromnego zaangażowania się w sprawy Fundacji pełnomocnika na Francję - adwokata M. Nidermillera, cały majątek francuski został utrzymany dla Fundacji i oddłużony dzięki wynajęciu go.
Od połowy 1943r. Zarząd Fundacji działał w konspiracji, a pod koniec 1944r. został silnie osłabiony. Dokumenty Fundacji uległy w większości spaleniu lub zaginięciu.
Dopiero w styczniu 1945r. działalność Zarządu zaczęła odradzać się i przybierać właściwe rozmiary.
Po zakończeniu wojny większość majątku Fundacji pozostała poza granicami Polski, a majątki rolne znajdujące się w kraju uległy rozparcelowaniu na podstawie dekretu o reformie rolnej z 6 września 1944r. Jedynymi dobrami więc jakie pozostały Fundacji w spadku po Jakubie hr. Potockim były niesprzedane nieruchomości we Francji oraz odsetki od kwot uzyskanych ze sprzedaży posiadłości przed wojną, zdeponowane w bankach francuskich. Fakt, że posiadały one znaczną wartość umożliwił wznowienie działalności tej fundacji w okresie powojennym.
Ponieważ po wojnie skład osobowy Zarządu Fundacji został znacznie uszczuplony, 14 lipca 1945r. Minister Zdrowia powołał na jego miejsce nowy Zarząd, którego całe wysiłki skupiały się wokół uregulowania spraw własnościowych Fundacji w kraju i za granicą.
24 kwietnia 1952r. wydany został dekret o zniesieniu fundacji. Pojawiła się wątpliwość, czy Fundacja im. Jakuba hr. Potockiego powinna mu podlegać. Wyjaśnił ją dopiero zapis ustawy z 31 grudnia 1956r. o następującym brzmieniu: "przepisów niniejszego dekretu nie stosuje się do fundacji mających siedzibę lub majątek za granicą", który potwierdził dopuszczalność istnienia Fundacji im. Jakuba hr. Potockiego, wpisanej do Rejestru Fundacji na pozycji nr 1.
W kolejnych latach Fundacja mogła już rozpocząć prowadzenie statutowej działalności. Uzyskano zatwierdzenie przez Ministra Finansów zasad finansowo-dewizowej działalności Fundacji oraz wynajęto nieruchomości we Francji. Subwencje uzyskane od ówczesnego Premiera Rady Ministrów wykorzystano na przeprowadzenie akcji stypendialnej. Sprzedane zostały place w Ciboure, z których środki finansowe przeznaczone zostały na kapitalny remont nieruchomości w Paryżu.
12 maja 1977r. na stanowisko Prezesa Fundacji powołany został śp. prof. dr hab. med. Witold Rudowski, który pełnił tę funkcję aż do dnia swojej śmierci - 11 września 2001r.
W latach 80-tych i 90-tych Fundacja rozwijała na coraz większą skalę statutową działalność polegającą głównie na dofinansowywaniu krótko- i długoterminowych wyjazdów naukowych z zakresu onkologii i pulmonologii.
Majątek znajdujący się we Francji (w skład którego wchodziły domy przy ul. Euler 2 oraz przy ul. Dumont d'Urville 47) został wzbogacony o trzecią nieruchomość na skutek zamiany willi "Haltura" w Biarritz na dochodowy lokal sklepowy w Paryżu przy ul. Scribe 4.